La segunda temporada de Hanna vuelve con ocho episodios de una hora, siguiendo el viaje de una joven extraordinaria mientras rehúye la búsqueda implacable de una siniestra agencia gubernamental y trata de descubrir la verdad detrás de su identidad. Tras su descubrimiento al final de la primera temporada, Hanna (Esmé Creed-Miles) sabe que no es la única joven con habilidades incomparables y entrenamiento de élite. El programa Utrax ha producido todo un contingente de adolescentes altamente capacitados cuyo desarrollo está a punto de alcanzar la letal «segunda fase». Después de su traslado a las instalaciones de The Meadows, estos aprendices encuentran que sus restricciones se levantaron y vislumbran la posibilidad de una nueva identidad en el mundo exterior. Pero esta aparente libertad tendrá un alto precio.
En la segunda temporada, Hanna arriesga su libertad para rescatar a su amiga Clara (Yasmin Monet Prince) de las garras del programa Utrax, ahora dirigido por John Carmichael (Dermot Mulroney) y su segundo al mando, Leo Garner (Anthony Welsh). Hanna encuentra ayuda en la improbable forma de su anterior némesis, la agente de la CIA Marissa Wiegler (Mireille Enos), quien debe proteger a Hanna y a sí misma de la despiadada organización en la que una vez confió. Sin embargo, a medida que Hanna profundiza en el escurridizo mundo de The Meadows y conoce a otros como ella, incluidas Sandy (Áine Rose Daly) y Jules (Gianna Kiehl), comienza a cuestionarse su papel en el programa de asesinos de Utrax y, en el fondo, su verdadero origen.
